The Littlest JupyterHub
User
Instalace balíčků
Pokud nějaký balík chybí, ideálně napsat adminovi. Je možné nainstalovat i do svého profilu.
!pip install <balik>
(S vykřičníkem Jupyter bere příkaz jako shell příkaz, ne jako Python příkaz. Stačí spustit jednou, balík bude nainstalovaný trvale.)
Variable Inspector
Variable Inspector si musí bohužel asi každý zájemce nainstalovat sám.
!pip install lckr_jupyterlab_variableinspector
Kontrola syntaxe
Na serveru je nainstalován balík jupyterlab-lsp, který kontroluje syntaxi Pythonu.
Pokud některé kontroly syntaxe nechcete, je možné je vypnout. V souboru
~/.config/pycodestyle uveďte, které kontroly chcete vypnout. Například takto:
[pycodestyle]
ignore = E303
max-line-length = 120
Nastavení ignoruje chybu E303 a povolí maximální délku řádku 120 znaků.
Admin
Instalace
sudo apt install python3 python3-dev git curl mlocate
curl -L https://tljh.jupyter.org/bootstrap.py | sudo -E python3 - --admin admin
sudo updatedb
Po instalaci
Nalogovat se jako admin, spustit terminal a nainstalovat knihovny.
sudo -E pip install matplotlib pandas numpy scipy jupytext sphinx-proof myst-parser scikit-learn xarary, bokeh, plotly, ipywidgets, solara, polars, seaborn
Nainstalovat rozšíření pro JupyterLab.
sudo -E pip install lckr_jupyterlab_variableinspector jupyterlab-lsp
sudo -E pip install 'python-lsp-server[all]'
Pomocí tljh-config nastavit služby. Například takto (výstup tlhj-config show):
users:
admin:
- admin
https:
enabled: true
letsencrypt:
email: marik@mendelu.cz
domains:
- jupyter.mendelu.cz
services:
cull:
max_age: 48000
every: 300
timeout: 24000
auth:
type: nativeauthenticator.NativeAuthenticator
NativeAuthenticator:
allow_all: true
Data o uživatelích se ukládají do /opt/tljh/state/jupyterhub.sqlite.
Pokud nechci povolit vytváření uživatelských účtů, tak je potřeba následovně
sudo tljh-config set auth.NativeAuthenticator.enable_signup false
sudo tljh-config show
sudo tljh-config reload
Neaktuální
sudo -E pip install jupyter_contrib_nbextensions
sudo -E jupyter contrib nbextension install --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable scratchpad/main --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable varInspector/main --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable snippets/main --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable hide_header/main --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable hinterland/hinterland --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable livemdpreview/livemdpreview --sys-prefix
sudo -E jupyter nbextension enable execute_time/ExecuteTime --sys-prefix
Soubor
/opt/tljh/user/etc/jupyter/nbconfig/notebook.json
zmenit na
{
"load_extensions": {
"contrib_nbextensions_help_item/main": true,
"scratchpad/main": true,
"varInspector/main": true,
"snippets/main": true,
"hide_header/main": true,
"hinterland/hinterland": true,
"livemdpreview/livemdpreview": true,
"execute_time/ExecuteTime": true
},
"livemdpreview": {
"show_side_by_side": true
}
}
tj. pridat sekci s show_side_by_side.
Nastaveni limitu pro uzivatele
V prikazovem radku pres ssh
sudo tljh-config set limits.memory 500M
sudo tljh-config set limits.cpu 0.5
sudo tljh-config show
sudo tljh-config reload
Admin pristup k zapisnikum uzivatelu
V prikazovem radku pres ssh (mozna bude potreba opravit verzi Pytohnu)
sudo joe /opt/tljh/hub/lib/python3.10/site-packages/tljh/jupyterhub_config.py
pripsat
c.JupyterHub.admin_access = True
ulozit a spustit
sudo tljh-config reload
Restart
sudo tljh-config reload proxy
sudo tljh-config reload hub
Zastavení serveru
sudo systemctl stop jupyterhub.service
sudo systemctl stop traefik.service
Keep in mind that other services that may also require stopping:
- The user’s Jupyter server: jupyter-username.service
- Traefik.service
Start
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl start jupyterhub.service
sudo systemctl start traefik.service
Troubleshooting
sudo journalctl -u jupyterhub
sudo journalctl -u traefik
sudo journalctl -u jupyter-<name-of-user>
Volba -f pro update pri zapsani dalsiho radku v logu
sudo journalctl -u jupyterhub -f
Sdileni
Nově vytvoření useři budou mít čtecí přístup do podadresáře my_shared_data_folder
sudo mkdir -p /srv/data/my_shared_data_folder
cd /etc/skel
sudo ln -s /srv/data/my_shared_data_folder my_shared_data_folder
Autentizace pomoci native authenticator (old)
Otevrit konfiguracni soubor
sudo joe /opt/tljh/hub/lib/python3.10/site-packages/tljh/jupyterhub_config.py
Pridat na konec
c.JupyterHub.authenticator_class = 'nativeauthenticator.NativeAuthenticator'
import os, nativeauthenticator
####c.JupyterHub.template_paths = [f"{os.path.dirname(nativeauthenticator.__file__)}/templates/"]
if not isinstance(c.JupyterHub.template_paths, list):
c.JupyterHub.template_paths = []
c.JupyterHub.template_paths.append(
f"{os.path.dirname(nativeauthenticator.__file__)}/templates/")
c.Authenticator.admin_users = {'admin'}
c.NativeAuthenticator.check_common_password = True
c.NativeAuthenticator.minimum_password_length = 10
c.NativeAuthenticator.allowed_failed_logins = 3
c.NativeAuthenticator.seconds_before_next_try = 1200
c.NativeAuthenticator.enable_signup = False
a potom pochopitelne
sudo tljh-config show
sudo tljh-config reload
Hlasky a zpravy
Otevrit konfiguracni soubor
sudo joe /opt/tljh/hub/lib/python3.10/site-packages/tljh/jupyterhub_config.py
a pridat neco jako
c.JupyterHub.template_vars = {'announcement_login': 'Server je určen jako podpora výuky předmětu Dynamické modely populací na LDF MENDELU v Brně. Přístup mají studenti daného předmětu.'}
a potom pochopitelne
sudo tljh-config reload
Proměnné prostředí
Zapsat do souboru /opt/tljh/config/jupyterhub_config.d/environment.py. Například takto.
c.Spawner.environment = {
'PREFIX_DYNATREE': '/babice/Mereni_Babice_zpracovani/skripty/',
'DYNATREE_DATAPATH': '/babice/Mereni_Babice_zpracovani/data/',
'SOLARA_ASSETS_PROXY': 'false'
}