Dynamické modely populací
Liška ostrovní. Příklad živočišného druhu, který se podařilo zachránit před vyhynutím v rekordně krátkém čase, během dekády. K tomu byla nutná komplexní znalost ekosystému a analýza, jak se projeví jednotlivé zásahy do vztahů v tomto ekosystému. Zdroj: commons.wikimedia.org.
Rozcestník předmětu
- Učební text je primárně v online formě. K dispozici je i verze v PDF. V současnosti (únor 2024) v textu chybí závěrečné kapitoly, ty budou doplněny během semestru.
- Budeme pracovat v systému Jupyter na JupyterHub serveru MENDELU
- Moodle předmětu obsahuje podmínky pro ukončení, rozcestník, požadavky na seminární práci, diskusní fórum apod.
- Kurz Modelování a práce s daty v Pythonu pro začátečníky je určena především studentům kombinovaného studia, ale mohou využit i studenti presenčního studia.
Literatura
Viz sylabus v Univerzitním informačním systému. Naprostá většina materiálů (Tkadlec, Dykyjová, Begon) je dostupná v knihovně nebo studovně MENDELU. Jedná se o klasická díla v ekologii. Murray je ze sítě MENDELU k dispozici online.
Online literatura
- J. D. Murray, Mathematical biology
- J. R. Chasnov, Lecture Notes on Mathematical Biology
- Virtual Ecology Portal (tutoriály a numerické simulace pro základní ekologické modely)
- L. Edelstein-Keshet Open Calculus Book (spíše matematika)
- G. A. Enciso Youtube videa Mathematical biology
Přístup k literatuře může být omezen a literatura nemusí být přístupná ze sítě mimo MENDELU. V takovém případě použijte proxy.
Další zdroje informací
Matematiky moc používat nebudeme, naprostá většina věcí okolo modelů je krásně vysvětlena v publikaci prof. Tkadlece, úzkým hrdlem budou proto asi IT skills.
- Umělá inteligence je skělá pro první návrh jednoduchého kódu, revizi kódu, opravu chyb, návrhy na vylepšení. Je možno používat chatGPT anebo specializovanou službu na programování na ZZZ Code AI, například vysvětlení kódu nebo generátor kódu.
- Nejlepší tutoriál Pythonu na světě je https://www.w3schools.com/python/. Obsahuje i matplotlib, NumPy, Pandas.
- Pro LaTeX stačí umět psát základní matematické výrazy. Pomůže například nápověda pro Wikpedii, která používá stejný mechanismus. Případně tento přehled.
- Nejlepší servery, kam se chodí pro rady ohledně rozbitého a nefungujícího kódu a pro rady jak něco udělat v Pythonu nebo LaTeXu, jsou https://stackoverflow.com/questions/tagged/python a https://stackexchange.com. Můžete například kopírovat chybové hlášky do Google vyhledávače a preferovat odkazy směřující na tyto servery.