Dynamické modely populací
Liška ostrovní. Příklad živočišného druhu, který se podařilo zachránit před vyhynutím v rekordně krátkém čase, během dekády. K tomu byla nutná komplexní znalost ekosystému a analýza, jak se projeví jednotlivé zásahy do vztahů v tomto ekosystému. Zdroj: commons.wikimedia.org.
Rozcestník předmětu
- Učební text je primárně v online formě. PDF verze bude v Moodle.
- Budeme pracovat v systému Jupyter na JupyterHub serveru MENDELU
- Moodle předmětu obsahuje podmínky pro ukončení, rozcestník, požadavky na ukočení, diskusní fórum apod.
- Kurz Modelování a práce s daty v Pythonu pro začátečníky je určena především studentům kombinovaného studia, ale mohou využit i studenti presenčního studia.
Literatura
Viz sylabus v Univerzitním informačním systému. Naprostá většina materiálů (Tkadlec, Dykyjová, Begon) je dostupná v knihovně nebo studovně MENDELU. Jedná se o klasická díla v ekologii. Murray je ze sítě MENDELU k dispozici online.
Online literatura
- J. D. Murray, Mathematical biology
- J. R. Chasnov, Lecture Notes on Mathematical Biology
- Virtual Ecology Portal (tutoriály a numerické simulace pro základní ekologické modely)
- L. Edelstein-Keshet Open Calculus Book (spíše matematika)
- G. A. Enciso Youtube videa Mathematical biology
Přístup k literatuře může být omezen a literatura nemusí být přístupná ze sítě mimo MENDELU. V takovém případě použijte proxy.
Další zdroje informací
Matematiky moc používat nebudeme, naprostá většina věcí okolo modelů je krásně vysvětlena v publikaci prof. Tkadlece, úzkým hrdlem budou proto asi IT skills.
- Umělá inteligence je skělá pro první návrh jednoduchého kódu, revizi kódu, opravu chyb, návrhy na vylepšení. Je možno používat chatGPT.
- Nejlepší tutoriál Pythonu na světě je https://www.w3schools.com/python/. Obsahuje i matplotlib, NumPy, Pandas.
- Pro LaTeX stačí umět psát základní matematické výrazy. Pomůže například nápověda pro Wikpedii, která používá stejný mechanismus. Případně tento přehled.
- Nejlepší servery, kam se chodí pro rady ohledně rozbitého a nefungujícího kódu a pro rady jak něco udělat v Pythonu nebo LaTeXu, jsou https://stackoverflow.com/questions/tagged/python a https://stackexchange.com. Můžete například kopírovat chybové hlášky do Google vyhledávače a preferovat odkazy směřující na tyto servery.